15_2020_iGEMアドベントカレンダー_Day7
こんにちは、雑草です。15記事目です。
今日は2020年のiGEMアドベントカレンダー用の記事です。
早稲田大学のらいるとさん(@ra1ru0)、お誘いいただきありがとうございます！！
前回から時間が空いていますが、見やすさや利用のしやすさから、普段と同じ形式で書いていきたいと思います。
１つの記事の構成は以下のような感じで行きます。
１．目的
２．手段
３．内容
４．メモ(箇条書き)
【目的】
読み手にiGEMの入り口をリアルに想像してもらい、日本のiGEM人口を増やす。
あくまで自分の場合のiGEMの感触を伝える。
【手段】
iGEMや合成生物学に興味をもったきっかけなどについて語る。
iGEM中のメンタル？について語る。
【内容】
まとめ１：「自然ではありえない組み合わせ」のデザインに興味を持った。
まとめ２：戦いのさなかでも、休息は非常に大切。
早速行きたいと思います。
合成生物学をやりたいと思った理由
私はある大学を中退し、専攻を変えるために浪人しました。
そのときジムに行って走っていたのですが、たまたまランニングマシンの小さな画面で合成生物学のドキュメンタリーをやっていたのが最も大きなきっかけとなりました。
15分走ったら帰るつもりでしたが、私は雷に打たれたようになり、結局番組が終わるまで2時間走りつづけました。
合成生物学の5文字が頭の中で大文字のように大きく太く焼き付いていました。
そして家に帰り、合成生物学と検索してiGEMを知って絶対に参加すると決意しました。
何かの研究に思い切り打ち込みたい、でも具体的にその対象がなく模索していた私に、合成生物学は「遺伝子を使ってデザインする」という完璧なコンセプトを与えてくれました。
中学生のころから「なぜ5本指なのか、目は2つなのか。他は本当に許されないのか？」という現存する生物のデザインの”必然性”について疑問をもっていました。
合成生物学もスケールは違えど、他の生物の遺伝子を持つ生物がどうふるまうかという「自然ではありえない組み合わせ」を人間が新しく試すという質的にかなり近いアプローチだったと思います。
私の将来の夢は人工臓器の研究者です。
iGEMが研究者になるための総合的なトレーニングになることも、大会への参加を決意した理由のひとつでした。
研究者になりたいと思った理由は３つあります。
いちばん古い理由は、子供の頃「魔法使いになりたかったけど現実には魔法はない」と気づいたとき、魔法使いに最も近いのが科学者だったからだと思います。
その次は、自分は空気を読んだり人の気持ちを察するのが苦手で、一生勉強だけして友達は作らずにいたいと思ったからです(笑)
3つ目は消去法でした。外交官にもなりたくて最後まで2択で迷いましたが、人の顔や名前が全然覚えられないのでトラブルを引き起こすと思いやめました。
私の記憶力は平均的なレベルより下のようで、昨日のこともよく思い出せないときがあるので毎日全部の行動をメモしています。
思い出せないというか昨日と1週間前などの区別が感覚的にあまりつかない感じです。
後述しますが、もしかしたらこれが私がストレスに強い理由かもしれないと思います。
iGEMをやっていたときのメンタルと今思うこと
iGEMの初年度を乗り切れた理由を聞かれることは多いです。
過去記事を読んでいただくとわかりますが私は経験もセンスもなく、チームワークでやってはいけない地雷を全部踏むようなリーダーに向いてないリーダーでした。
それを踏まえた上でですが、そういうとき私はだいたい以下の2点を答えます。
・打たれ強いこと
・人に恵まれたこと
でもごく最近、もうひとつあると思うようになりました。
それは休むのが得意なことです。
iGEMで悩む事は多いです。
起きている時間ずっと頭を使っているように感じるiGEMerも多いと思います。
私は、「これは忘れる」と決めたら忘れることができます。
忘れるコントロールですね。
みんなできると思っていたのですが、周りと話していてできない人もいると気づきました。
個人的には「これは覚える」ができたらよかったのですが、それはできません(笑)
例えばiGEMを途中で辞めていったメンバーのことも、どんなに苦しくても実験中は一切忘れて集中することができます。
忙しい時期でも、家に帰ってご飯をたべてお風呂に入って寝る、という間はiGEMのことを全く思い出しませんでした。連絡は返します。
休みは純度100%できっちり取るというスタイルが好きで、たぶん一生こうだと思います。
iGEMやってて、メンバー同士うまくいかないとか実験うまくいかないとか辛いことはたくさんあります。
そういうとき、倒れなかったのはいわゆる「悲しみに追いつかれない」スキルが高いのだと思います。
休んでる時も心は流れ星みたいに猛スピードで飛んでるような気がします。
タフな場面ほどエネルギーとアイデアがガンガン湧いてきたり、ハードな状況だった割に、感情も安定していたのはこの辺のメンタルや習慣が関係しているのかもと思いました。
あと精神安定に良いのは、自分一代で考えないことかなと思います。
2019年のラストのラスト、ボロボロになりながら深夜4時に2徹で実験してたときも「私は今地面をたがやしてるんだ」と思っていました(笑)
頭がだいぶいってましたね。
いわゆるペイフォワードみたいなイメージです。
初年度だったので、とにかく最低銅メダルをとって、来年にバトンを渡したいと思ってました。
どんなに小さい成功でもいいから、とにかく今年は成功することが大事だと思いました。
iGEMのチームを作ったとき
「研究への情熱ある人が客観的な実績を残す場所をつくりたい」
「iGEMに参加したい研究志向な高校生が群馬大学に入ってきてほしい」
とか色々思っていましたが、直前期はただ結果を残したい、来年につなげたいだけでした。
そんなわちゃわちゃの中でも、「来年、もしかしたら（まだ顔も知らない）後輩が1人でもiGEMやりたいって入ってくれるかもしれない！」と思っていたので、そのお膳立てをしていると思えば正直全く苦じゃなかったです。
1人でも本気でやりたいという人が現れたら、全力でサポートしよう！と思っていたらなんとそういう人が10人来てくれたのですが、今は「たがやした」というより「たがやさせていただいた」みたいな心境です。笑
最後に、やる気は最終兵器だと思います。
もう何も食べるものがないときやる気を食べるみたいな。
東大チームOBの渡邊さんもおっしゃってましたが、「毎日8割がんばるのが理想」だなと……。
リーダーやコアメンバーが常時30割頑張ってるようなチームはマネジメントを見直すべきだと思います(去年の自分に向かって大声で)。
やる気は休息でできてると思うので、戦ってる時でも休むことは非常に重要だと思います。
アメリカの元国務長官コリン・パウエルも、”若い陸軍士官が必ず教えられる戒め”として
「歩けるなら走るな。
座れるなら立つな。
横になれるなら座るな。
眠れるなら起きているな。」
を自著で引用していますので、これをご紹介して今日はここまでとさせていただきます。
読んでいただき、ありがとうございました！
【メモ】
この記事を後で見た人へ。
他のチームのiGEMerが書いた記事も是非読んでみて下さいね！！
↓こちらからどうぞ。
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14_iGEMの勉強会について
こんにちは、雑草です。１４記事目です。
今日はiGEMでの勉強会のやり方について書いていきたいと思います。
※「これが決定版」ではなく、あくまで「創立～初年度」の経験に基づく改善案です。つまり個人の意見です。
【目的】
iGEMの勉強会スタイルや内容について知る。
【手段】
弊チームを例に挙げて説明する。
【内容】
まとめ：iGEMの勉強会は、基礎知識編とプロジェクト下調べの２通りある。形式は大学の研究室のゼミに似ていることが多い。スライド使って講義形式だったり論文を輪読したりする。
０．iGEMの勉強会をやる目的
勉強会をやる目的は、２通りあります。
１）iGEMに必要な一般知識を全員が共有するため
２）プロジェクトの関連知識について調べ、共有するため
１）iGEMに必要な一般知識を全員が共有するため
まず１つ目ですが、チームのメンバーは知識や能力にバラつきがあるのが普通です。
・iGEM経験あり・なし
・学年
・学部
・生物履修経験
・プログラミング経験 等
例えばB1同士であっても、高校生物を履修した人とそうでない人では「DNAとは」「微生物とは」という基本的な知識にも差があります。
iGEMでは生物系の学部の人が多数派であることは事実ですが、そうでないバックグラウンドを持つ人がiGEMに参加するのは素晴らしいことです。
それを初期の知識不足のような些細な理由で挫いてしまってはいけません。
また、高校で生物を履修した人でもiGEMをやるためには知識が足りません。
iGEMで必要になる実戦レベルの遺伝子組み換え実験の原理とやり方、プライマー設計などは大学レベルの内容です。
ゲームにたとえるならばiGEMという危険なダンジョンに出るために必要な基本装備を最初にまとめて身につける、これが勉強会です。
２）プロジェクトの関連知識について調べ、共有するため
２つ目ですが、こちらはテーマがある程度決まってから関連する論文を手分けして読み、要旨を互いに共有するなどして効率よく下調べを進めることを目的とした勉強会です。
ある意味１つ目の勉強会がここで効いてくる感じです。
全員がある程度の知識を持っているからこそ、たくさんの頭数で論文を読むというタスクに当たれるわけです。
逆にあまりにも生物の知識が足りなすぎたり英語が苦手すぎる人がいて、論文が読めないとなるとできる人にやや負担が集中します。
最初は時間がかかっても大丈夫ですので、とにかく論文を読む知的基礎体力があることが大事です。
１．勉強会のやり方
研究室のゼミに似た形式で行うところが多いようです。
・基礎事項のレクチャー
・輪読 (代表的な論文を読む)
・過去の金メダルwikiを読む
基礎事項の学習については新入生のやる気も大事ですが、学ぶ内容を選んだり体系づけて渡すのは先輩の役割かなという気がします。(震え)
ちなみに東大チームがiGEMのテキストのような物を作成しており、日本チームの間に出回っています。
こちらは教科書のような感じで読みやすいです。
まだiGEMに参加してないけど欲しいという方は東大のiGEMチームに連絡したらくれるかも・・・？
なお、チームによっては新入生におすすめテキストや論文を渡すだけで自習に任せるところもあるようです。
２．2019年度の反省と今年度以降の勉強会
Fig1. 2019年度弊チームの勉強会の様子(東大チームのwikiを研究中)
【2019年度の勉強会の反省】
良かった点
・副リーダーが頑張ってくれた (この場を借りて、本当にありがとう)
・必要に応じて博士の学生にレクチャーを求めた
・ホワイトボードを使って図を多用して説明した
良くなかった点
・教える側も当時B4で、iGEMの経験がなかった&自分の専攻ど真ん中ではなかったため大変だった(原理は説明できるが、経験が必要なタイプの現場的質問には答えられなかった)
・資料をあまり用意できなかった
・内容がiGEM向けに整理されていなかった
・教わる側からは全体像が分かりにくかった
・教わる側が受け身だった
・教わる側は遺伝子組み換え実験をしたことがなかったため、知識と実感が結びつきにくかった
【2020年はこうしたい】
・教える側もB4なのは変わらないが、iGEMをやることを軸にした説明をできるようにする
・全体像がわかりやすいようロードマップを作成する
・ヌケモレがないようチェックリストをつくる？(これはやらないかも)
・本当は練習実験と並行して講義したかったが、諸事情(コロナのせい)で今は難しいのでなるべく図や写真を多用して補う
・アウトプットを意識したインプットをできるようにする(これはどうしたらいいんだ)
今回の記事はなんだか箇条書きが多い感じでしたね(笑)
今日は以上です。
最後まで読んでくださりありがとうございましたm(__)m
【メモ】
～今後書きたい記事～
・用語集
・論文の探し方
・メダル条件
・iGEMあるある
・ＰＤＢ
・ＮＣＢＩ
・His-Tag
・参考文献
13_iGEMミーティングのやり方と反省点まとめ
こんにちは、雑草です。１３記事目です。
今日はミーティングのやり方と2019年の反省点をまとめます。
このブログは基本的に弊チームの後輩向けですが、これからiGEMに参入したいと考えている潜在的な人々にも向けているのでこういう記事も時々書いていきたいです。
弊チームの後輩には今やってるミーティングスタイルの裏付けがなんなのか（なぜそうしているのか）知っててもらった方が今後改善もしやすいと思うので、是非参考にしていただきたいと思います。
さっそく始めましょう。
【目的】
iGEMのミーティングで大事なポイントを理解する。
【手段】
具体的な例をあげてみていく。
【内容】
まとめ：
・ミーティングは準備６割、当日４割。議題やタイムスケジュールは事前に共有しておく。
・当日はアウトプットの場。
・司会は持ち回りが吉。
・今年のメンバーを見てて思ったが、あえてZOOMをつないで作業するミーティングもあり。
０．2019年のミーティングの反省
本気で反省だらけですが、隠さず書いていきます。
・時間管理の意識が薄く、ミーティングがずるずる延びて3時間、4時間もザラ
・とりあえずミーティングしていて、集まってから「今日は何を話すの？」となることもあった
・意見を全く言わない人がいた
・下調べせずに集まってしまうことがあった
書いてみるとほんと泣きたくなりますね……。
「確立されたやり方」がないって本当に恐ろしいことで、なんとなくでうまくいくと思っていたら簡単にこういう状態になってしまうこともあるんだと実感しました。
雑草は圧倒的経験不足で、会議の進行とかも全然うまくできなくてメンバーにいっぱい迷惑をかけました。
後輩は、そしてこれを読んでくれている人は少しでも同じミスをしないですむように、
「昨年の反省を踏まえて今年はこんなふうにやっています」というやり方を簡単にまとめたいと思います。
１．ミーティング前日までにすること
・議題やタイムスケジュール、ZOOMのURLを公開しておく
当日までにみんなが準備しやすくするためです。
目安２日前くらいまでに出せるとグッドです。
忙しくてやばいときは最低、前日の夜には出しましょう。
これは現メンバーが書いたものですが、こんな感じ↓です。
Fig1. 弊チームのタイムスケジュールの例
・下調べや事前タスク
集まって話し合うだけでは「これはどうなってる？」みたいな不明点がたくさん出てきてしまいます。
前回のミーティングの最後に決めておいた「次回までに何をするか」というタスクをしっかりやってくるようにします。
後述しますが、これはかなり重要です。
２．ミーティング当日すること
・進捗を全体に共有
・意思決定をする
・議事録の作成
・来週までにすることを明確にする
４つめの「来週までにすることを明確にする」が重要です。
ミーティングしている間は頭がiGEMモードになっているのですが、ミーティングが終わって日常に戻ってくると色々な物事が流れ込んできます。
なので先に「何をやるべきか」を明確化しておくことで、そのあと動くのがすごく楽になります！
３．ミーティング後にすること
・次回のミーティングまでの課題をやる。
前にやることと一緒ですね(^^;)
・来れなかった人は議事録を読んで、わからないことがあれば質問
最後に「司会を持ち回りにする」についてですが、
これは司会をいつも同じ人がやると以下のようなデメリットがあるからです。
・常に同じ人に負担がかかる
司会はミーティングのタイムスケジュールを考えたり、会議が行き詰まったらフォローしたりと、普通に参加するより３～４倍くらいエネルギーを使います。
これをいつも同じ人にやらせるのは酷です( ﾉД`)ｼｸｼｸ…
「いつもごめんね」に対して「大丈夫だよ！」と言ってくれる人も、本当は疲れているかもしれません。
・他の人が受け身になりがち
先生から見た風景と生徒から見た風景が異なるように、司会からみたミーティングと他の参加者からみたミーティングはちがいます。
特に司会の「誰か意見ありますか？」に対して「誰も意見を言わない」という状況になってしまったとき、ほんとうに一人一人にまったく悪気はないのですが、司会にとってはストレスになります。
それはかすかに以下のように感じてしまうからです。
自分の進行がだめなのか？
黙っていれば司会がなんとかしてくれると思ってるのかな？
やる気がないのかな？
実際、そうじゃないことが大半なんですけどね！(^^;)
「司会はどう感じているか」を全員が経験することで、自分が司会でないときも積極的に発言できるようになると考えて持ち回りにしました。
ちなみに司会の「～ということで皆さん宜しいですか？」に対して無言も同じです。
これは肯定の無言なのですが、わかっていても司会は戸惑ってしまうことが多いです。
なので弊チームでは「肯定」はZOOMの画面でいいね！の手をするか、いいねボタンで反応しています。
まとめると
・司会を持ち回りにする
・肯定の反応をする
これだけで安心感がぜんぜん違うので、もしよかったら是非皆さんも試してみて下さい！
今日は以上です。 お疲れさまでした。
【メモ】
～今後書きたい記事～
・用語集
・論文の探し方
・メダル条件
・iGEMあるある
・ＰＤＢ
・ＮＣＢＩ
・His-Tag
・参考文献
12_７エタのはなし
こんにちは、雑草です。１２記事目です。
本来このブログ、ミニコラムばっかりみたいなイメージで書いていくつもりなのにいつも想像の1.5倍くらいの長さになってしまいます……。
でも今日は短いです。
さて今日は微生物を扱う研究室の必需品、７エタについてです。
ではいってみましょう。
【目的】
７エタとは何かを知り、作り方を理解する。
【手段】
簡単に説明する。
【内容】
まとめ：７エタとは体積比でエタノール：水＝７：３で混ぜた溶液のこと。
メスシリンダーで量って混ぜて作る。
なぜ７０v/v%エタノール水溶液を殺菌につかうのでしょうか。
WHOでは、７５～８０v/v%エタノールが推奨されています。
この論文は結局何 %のエタノール溶液がいいのか、かなりのボリュームで論じています。
本ブログは実験レポートじゃないのであくまで緩く書くと、
「菌によってどの濃度が一番効果あるかは異なるけど、一般的に70~80％前後が最適解だから」って感じです。
ちなみに％を重量で考えるか体積で考えるかについてですが、上の論文ではこんなふうに書いてます。
”なお、局方では 15℃における体積パーセント濃度(v/v%)で表記され
てい るが、先行論文では重量パーセン ト濃度(wt%)または室温での体積パーセン ト濃度
(v/v%)での表記が主流であるため、本論文でも室温における体積パーセント濃度(v/v%)
で表記した。”
弊チームでは：体積(v/v)でやっていました。
作り方：2本のメスシリンダーでエタノールと水をそれぞれ量って、混ぜていました。
なぜエタノールをそのまま水でメスアップしないのかというと、分子の大きさが違うので700 mLと300 mLのエタノールと水を混ぜても1000 mLにはならないからです。
1000 mLより少なくなります。
(これ学生実験とかでたまに聞かれるやつですね。)
ですので別々に量って混ぜていましたが、よく考えたら効くアルコール濃度には幅があるのでざっくりでもいいのかもしれませんね。
マンガで「お酒で傷を洗う」みたいなシーンを見たことがある人も多いと思いますが、アルコールに殺菌作用があることは昔から知られています。
ですので色んな濃度のアルコール(エタノールに限らず)が殺菌に効くという話はかなり前からたくさん研究されていますが、上の論文によると特に古そうなのは”The Germicidal Action of Alcohol”(参考文献３)です。
アルコールが菌は殺すのになんで人間は死なないの？という疑問がわいてくると思いますが、それは人間が多細胞生物であるから、および皮膚が死んだ細胞だからです。
わかりやすいところだと花王のHPにこんなのがありました。
https://www.kao.co.jp/pro/hospital/pdf/08/08_05.pdf
アルコール濃度の範囲によって殺菌するメカニズムが異なるようです。
７エタの範囲のアルコール濃度では、微生物の細胞膜を変性させて微生物を死なせるので、死んだ細胞が皮膚として表面を覆っている人間では問題ないのです。
ということで短いですが、７エタの話でした。
この後書く記事リストをメモに作ってるのに別のことを先に書いちゃってるので、なるべくメモにあるやつをさっさと消化しなくてはなと思っています。
今日は以上です。 お疲れさまでした。
★参考文献
１．WHO Guidelines on Hand Hygiene in Health Care: a Summary,p29
２．神明朱美,"殺菌・抗ウイルス効果に及ぼすエタノール濃度の影響",2019,博士論文
http://www.thcu.ac.jp/uploads/imgs/20190605090207.pdf
３．Harrington C, Walker H. The germicidal action of alcohol. Boston Med. Surg J
1903; 148: 548-552.
これは有料記事なのでURLのせれません。雑草はがんばってDLしました。
４．花王HP
https://www.kao.co.jp/pro/hospital/pdf/08/08_05.pdf
【メモ】
～今後書きたい記事～
・用語集
・論文の探し方
・メダル条件
・iGEMあるある
・ＰＤＢ
・ＮＣＢＩ
・His-Tag
・参考文献
11_滅菌のはなし
こんにちは、雑草です。１１記事目です。
昨日ローソンでおでんを買って食べて、秋を感じました。
今日もこの構成でいきます！
内容は滅菌についてです。
１．目的
２．手段
３．内容
４．メモ(箇条書き)
【目的】
滅菌(めっきん)を５W１Hで理解する。
【手段】
iGEMでよく出会う場面ごとに例をあげて説明する。
【内容】
まとめ：
１．What 滅菌とは、培養液中や器具などにいる菌を殺し、無菌にする処理のこと。
２．Why やる理由は、目的の菌以外が混入して増えるとこまるから。また、長期保存を可能にするため。
３．When やるタイミングは、主に実験前の器具準備と実験後の培養液の処理のとき。
４．Who やる人は、実験者。
５．Which 対象となるのは、エッペンチューブやピペットのチップ、三角フラスコなど菌を増やす液に触れる予定or触れたもの全て。
また培地そのものであるLB培地や、精製DNAなどいずれ菌の培養液と混ぜる予定のもの(形質転換などで)を入れるエッペンチューブなども対象。
６．How 3種類くらいやり方があります。後述。
おもに６．Howの話をしたい記事ですので、１～５.はふーんと思いながらお読みください。
それではいってみましょう。
１.Whatと２．Whyをまとめて
「滅菌」とは器具や培養液を無菌に近い状態にするための処理です。
遺伝子組換え実験をまったく知らない人でも、滅菌の重要性は理解しやすいと思います。
まず知っておくべきなのは、
・普段の生活レベルの「清潔」と実験室で必要な「滅菌された状態」は異なるということです。
たとえば手や机が一見きれいでも、肉眼で見えないだけでそこには沢山の微生物がいます。
遺伝子組換え実験で用いるエッペンチューブやピペットのチップ(使い捨ての先っぽ)も、かなり綺麗ですがやはりそのままではダメなのです。
「遺伝子組換え実験をするために」十分なように、滅菌して実験中限りなく無菌状態に近くする必要があります。
限りなく無菌状態に近く……と書いたのは、自分はオートクレーブ直後は無菌でも、(たとえクリーンベンチの中だとしても)実験していく中で外気に触れればごくわずかな菌は入るはずと考えているからです。
３．Whenと４．Whoをまとめて
これはそんなに言うことないです。
まとめで書いた通りです。
実験器具を使う前に滅菌して、実験が終わったら菌がついた器具や培養液を滅菌して捨てます。
なお弊チームの実験室ではチップごみやシャーレなどは決まった場所に捨てて、研究室単位で滅菌していました。
菌がいっぱい入った培養液を水道に流すのは直感的にも抵抗ありますよね。
汚いのでちゃんと滅菌しましょう。
特に遺伝子組み換えした菌を研究室の外に出すことは法律で厳しく禁じられているので、絶対ダメです。
「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律（平成十五年 法律第九十七号）」でググってみてください。
５．Which
これもほぼまとめに短く書いた通り。
この後の話をしたいので流します。
６．How
今日のメインです！
iGEMでよく使う滅菌のやり方は大きく分けて３つあります。
１）オートクレーブ
２）次亜塩素酸ナトリウムで死なせる(市販のハイターなどの漂白剤)
３）フィルター滅菌
このほかにも滅菌方法はありますが、今回はこの3つにスポットをしぼります。
順番に説明します。
１）オートクレーブ
最もよく使われるオーソドックスな方法です。
スリムな洗濯機のような形をした機械で、中は空洞になっています。
121 ℃で20分の処理をして、高圧高温の蒸気で滅菌します。
Fig１. 弊チームが2019年に使用したオートクレーブ
ほんとうはもっと高い温度で短い時間あるいはその反対の組み合わせでもいいのですが、教科書などでよく見かけるのは121℃で20分です。
ざっくり代表的なもののオートクレーブのかけ方を紹介します。
ここは読み飛ばしてもOKです。
・LB培地→三角フラスコで調製してアルミホイルで蓋をし、オートクレーブテープを貼ってオートクレーブ。
・エッペンチューブ→空の瓶に入れてアルミホイルで蓋をし以下略
・ファルコンチューブ→蓋をゆるめてアルミホイルで包み、以下略
オートクレーブテープというのは工事現場みたいな柄したマスキングテープに似たテープです。
オートクレーブする前は白と黄色のしましまですが、オートクレーブにかけたあとは白い部分が黒くなって「確かにオートクレーブされましたよ」という証明になります。
これによって、機械の故障でオートクレーブされてなかったけど気づかなかった、といった事故を防ぐことができます。
ファルコンチューブをオートクレーブするとき蓋をゆるめるのは、そのままオートクレーブすると中の空気が膨張してチューブがゆがむからです。
ファルコンチューブと蓋を別々にすると蓋をするときに菌が入るので、ゆるめるだけにします。
２）次亜塩素酸ナトリウムで死なせる(市販のハイターなどの漂白剤)
基本的にはオートクレーブを使っておけば無敵なのですが、
研究室によっては「器具を滅菌するためのきれいなオートクレーブで実験したあとの汚い培養液を滅菌したくない、分けたい」と考えています。
弊チームがお世話になっている実験室もそうです。
そこで培養したあとの菌液や菌に触れた器具はハイターで滅菌していました。
バケツに水とハイターを入れて、そこに大腸菌が入っていたエッペンチューブやファルコンチューブなどを培養液ごとじゃぼんと入れます。
そして菌が完全に死に絶えるまで1～2時間放置してから、あとは普通に洗っていました。
３）フィルター滅菌
オートクレーブとハイターを使った滅菌にはそれぞれ弱点があります。
【弱点】
オートクレーブ：熱に弱いものにはつかえない。
ハイター：混ざってしまうので、液体にはつかえない。
そのため、例えば抗生物質のような「熱に弱い液体」を滅菌したいときにはフィルター滅菌を行います。
フィルター滅菌は専用の使い捨てシリンジをつかって行います。
くわしくは実際に実験やるときに教授や説明書を見ると思うので省略しますが、
要はめちゃくちゃすごいろ過のようなものです。
こういうやつですね。
【おまけ】必須アイテムの70％エタノール(通称７エタ)
滅菌よりカジュアルに、より頻繁に行われるのが７エタを使った殺菌です。
７エタはエタノール：水を７：３の比で混ぜたものです。
ちなみに70 %エタノールは100 ％エタノールより殺菌力が高いです。
７エタによる殺菌は完璧ではありませんが、何かとよく使うので、だいたいどこの研究室でも各自調整した７エタをスプレーに入れて１人１つ持っているのではないかと思います。
明日はそんな７エタについての記事を書きたいと思います。
今日よりは楽そう(*ﾉωﾉ)
では今日は以上です。
ここまで読んでくださりありがとうございます！
お疲れさまでした。
参考文献
・大藤道衛,"バイオ実験意外に知らない、いまさら聞けない超基本Q＆A",pp205-206,2019,羊土社
【メモ】
～今後書きたい記事～
・用語集
・論文の探し方
・メダル条件
・iGEMあるある
・ＰＤＢ
・ＮＣＢＩ
・His-Tag
・参考文献
10_iGEMで必要な知識マップ
こんにちは、雑草です。10記事目です。
前回に引き続き、見やすさや利用のしやすさから、今後は原則すべての記事を同じ形式で書いていきたいと思います。
この注意書きもそろそろやめます(*ﾉωﾉ)
１つの記事の構成は以下のような感じで行きます。
１．目的
２．手段
３．内容
４．メモ(箇条書き)
今回は激短い記事の予定です！(そうでもなかった)
さくっと行きましょう。
【目的】
B1の視点で、iGEMやるのにどんな知識が必要か把握する。
【手段】
iGEMで必要な知識を大きく3つに分類してマップ化する。
【内容】
まとめ：必要なのは以下の3つ。
１．iGEMについての知識
２．生物や遺伝子組換え実験の知識
３．これまでの決定事項
１．iGEMについての知識
その１：iGEMの評価基準
2019年の公式サイト↓
【ポイント】
・銅メダル、銀メダル、金メダルの数は限られておらず、それぞれ定められた条件を満たせばどのチームも平等にメダルを得られる機会がある。
→強豪チームがいても脅威にならない！新チームにやさしい。
→互いに蹴落とす必要がなく(笑)コラボしやすい。
その２：iGEMのプロジェクトはどんなものがあるか
【過去の優秀なチームのwikiを読む】
基本的に金メダルのチームのみ参考にすべし！
その３：iGEMの活動内容
【実験目線】
テーマ決め、下調べ、実験デザイン、モデリング、遺伝子組換え実験、結果まとめ、発表準備、原稿用意、プレゼン練習
【プロジェクト目線】
メンター探し、メンターへの報告、広報、資金集め、チーム運営、スライドづくり、ポスターづくり、他のチームとのコラボレーション、社会に対するインパクトをストーリーでPR、大学内での協力を仰ぐ(オープンキャンパスや学内発表に積極的に協力するなど)、Giant Jamboreeでの質疑応答やおしゃべりを通した各国の学生との関係づくり
【メリット目線】
・意欲、向上心、行動力を実績として残す機会が得られる。
・多角的なプロジェクトにおけるチーム運営の経験ができる。
・B1から遺伝子組換え実験ができる。
・お膳立てされたテーマではなく、いちからプロジェクトを作る面白さがある。
・研究者としての総合的な修業になる。
・B1でも論文を読むモチベーションが得られる。
・プレゼンやwikiでアカデミックな英語を使う必要に迫られて、英語力が伸びる。
・学部で習う分子生物学などの内容を同学年より早く、深く学べる。
【デメリット目線】
・iGEMは本命彼女のようなもので、時間と労力を注いであげる必要がある。
・何事も早めにやっとかないと、学業との両立が大変。
・自由度が高い分、思ったよりハードなことが多い。
その４：スケジュール感覚
iGEMは公式でこんな感じの分かりやすいカレンダーを公開しています。
見てみるとわかりますが締め切りがいくつか設定されています。
ざっくりいうと
・チーム登録期限
※すなわち参加登録費(2019年は約56万円)支払い期限
・プロジェクト概要の提出〆切その１
・セーフティーフォームの提出〆切その１
(後で訂正させてあげるからとりあえず出してね、というもの)
・Giant Jamboreeの参加者登録期限
・・・(中略)・・・
・Wikiフリーズ ←最重要
(この辺で徹夜するチーム多い)
みたいな感じです。
あとは新チームでない場合、去年は今頃どうしていたか？を常にチェックしておくと、イメージですが「人生2回目」みたいになって今後やることをリアルに想像しやすかったり、去年の経験をもとに問題点を改善できたりして、チームの最適化に役立つと思います。
２．生物や遺伝子組換え実験の知識
この記事では雑草が特におすすめする参考文献をあげるに留めます。
基礎から学ぶ遺伝子工学 第2版 | 田村 隆明 |本 | 通販 | Amazon
バイオ実験超基本Q&A―意外に知らない、いまさら聞けない | 大藤 道衛 |本 | 通販 | Amazon
実際の場面で役に立つのは
・先輩、メンターの教授のアドバイス
・試薬についてるプロトコル
・バイオよもやま話
などであることも多いですが、
基礎知識がないとまず会話にならないので一通り基礎を勉強しておくことは非常に重要です。
ちなみに次の記事では「滅菌」について書く予定です。
３．これまでの決定事項
これはチーム運営のリアルタイムな情報のことです。
概してiGEMでは大量の情報が流れ、場合によっては担当者があいまいなこともあるので、重要なことを忘れる危険が常にあります。
・外部への連絡 (例)メールの返信
・何かの締め切り (例)助成金などの申請書類
それだけでなく、意外と忘れがちかつ時間の大幅ロスにつながるのは
決定事項を忘れることです。
ミーティングなどで話し合いが進むと、だんだん複雑になって何を基準に物事を決めたらいいのかわからなくなることがあります。
これはiGEMで本当によくあることですが、常態化するとチームの空気が悪くなることにもつながります。
ややこしくなってよくわからないうちに、とりあえず声の大きい人の意見が通ってしまうというのはチームにとっていいことではありません。マジで。
これを防ぐためには、フェアに、堅実に議論を重ねることが大切です。
具体的には、一度決めたことは「合理的な理由なしに」うやむやにしないことです。
そのためにミーティングでは必ず議事録をとることが大切ですが、
過去の決定を新しい決定で変更するときは客観的な理由を付記することが重要です。
あとで見返した時、「なぜそうしたか」の根拠をわかりやすくしておくことで、
１) 同じ問題を蒸し返す
２) 過去の決定と矛盾した決定をする
などのありがちなトラブルを未然に防ぐことができますよ(*^^*)
一言でいいので、理由を書いとけばオッケーなのです。
議事録とは別に、決定事項のみを時系列で箇条書きにした「決定事項リスト」を作るのもおすすめです。
地味ですが、まだ記憶に新しい2019年の経験から、スムーズに活動を続けていくために本当に役立つと思うライフハックを紹介させていただきました。
ご参考になれば幸いです。
今日は以上です。 お疲れさまでした。
次回は滅菌について書きます！！
是非読んでください。
【メモ】
～今後書きたい記事～
・用語集
・論文の探し方
・メダル条件
・iGEMあるある
・ＰＤＢ
・ＮＣＢＩ
・His-Tag
・参考文献
09_iGEMの情報共有編
こんにちは、雑草です。９記事目です。
前回に引き続き、見やすさや利用のしやすさから、今後は原則すべての記事を同じ形式で書いていきたいと思います。
１つの記事の構成は以下のような感じで行きます。
１．目的
２．手段
３．内容
４．メモ(箇条書き)
今回はチーム運営の重要な一部である「情報共有」についてさくっとまとめていきたいと思います。
【目的】
iGEMで必要な情報共有とそのツールについて知る 。
【手段】
2019年に初出場したiGEM Gunmaで初年度から用いている手段を共有する。
【内容】
まとめ：Slackとメール転送が基本。LINEはレスポンスが早いので使いがちだが、議事録と担当者やテーマなどの決定事項リストは別にしておくと吉。
弊チームでは、メンバーがチームに入るとまずやることが４つあります。
・Slackに入ってもらう
・iGEMのGmailのアカウント情報を教えてログインしてもらう
・iGEMドライブ(Googleドライブ)に招待する
・そして最後にiGEMのグループLINEに入ってもらって、挨拶をして終わりです。
つまりSlack、Gmail、ドライブ、LINEの4本の柱で情報共有を行っているということです。
使用頻度の高い順にLINE、Gmail、Slack、ドライブです。
その１：Slackで項目ごとにまとめた情報共有
Slackは、IT企業とかビジネスでもよく使われる有名なツールです。
公式HP
【利点】
・トピックごとにチャンネルを分けられる(LINEとの一番の違い)
例えばLINEではミーティングの議事録もテーマ案も雑談も1部屋で、いっしょくたに流れていってしまいますが、Slackでは別々にできます。
・無料
・LINEよりセキュリティ面も優れている(らしい)
ただし無料ではメッセージが10000件超えると古い方から消えていったりするのでバックアップ取ることが必要になります。
でも基本的に1年ごとに作り直すくらいのイメージでいればそんなに困りません。
Fig1. 弊チームのSlackにあるチャンネル一覧
Slack初めての人はとりあえずググってこういう記事読んで、あとは使いながら覚えていく感じです。
/pollみたいなコマンドを作って投票取ったり、GoogleカレンダーやTwitterとも連携させたりと拡張が簡単なのも長所かと。
でも初年度、そして2年目と使ってみた感じなるべくシンプルに
「iGEMの細かく分かれた活動ごと、短期プロジェクトごとのアクション記録置き場」的な使い方がベターかなと思います。
【理由】
・たまに通知がこなかったりしてあれ！？ってなることもあったから
・iGEMでしかSlack使ってない人だとアプリを開く頻度がLINEより低くて見逃しがあるから
普段の連絡用のツールはLINEで十分かなと。
※雑草はこういうの詳しくないので体感です。
その２：公式アドレスを作ってすべてのiGEM関連メールを全員に転送
これは必須だと思います。
弊チームではGmailを使いました。
【利点】
・最少の手間で外部との連絡を全員に共有できる
【具体的な使い方】
１．全員にiGEMのGoogleアカウントのアドレスとパスワードを教えます。
２．Gmailアプリでログインしてもらいます。
※このときセキュリティですでにログインできる人のもとに3つの番号が届き、ログインしようとしてる人のデバイスに表示された番号を押すゲームが発生しますので、遠隔地にいると面倒ですがLINEの通知使ってがんばりましょう。
３．これで終わりです。
４．メンバーの誰かがiGEM関連のメールを送るときは
・自分のアドレスから送り、CC:にiGEMアドレスを必ず入れる
５．受信したときは
・転送する
これで、iGEMアドレスの受信箱にiGEM関連のメールがもれなく蓄積します。
そうすれば内容は全員がいつでも見られるようになります。
後輩が「去年はどんな書き方をしたのかな？」みたいに確認したいときにも役立ちます！
その３：iGEMドライブの活用
ここは過去のプレゼン、写真、wikiにつかった画像などなどを置いておく倉庫です。
Googleドライブ使ったことある人ならそんなに説明はいらないかなと思いますが、超有名なクラウドですね。
弊学では大学に割り当てられた学籍番号のメールアドレス使えば容量無制限で使い放題ですので、メンバーの一人のアドレスで作ったやつを共有しています。
iGEMの公式アドレスでつくったわけではありません。
ちなみにこんな感じです。
Fig2. 弊チームのiGEMドライブの概観
各項目の中で2019年度、2020年度みたいに分かれています。
年度があって中で分けるのでもいいと思いますが、何度も全項目作るのがめんどくさいのと後から見たいときに楽なようにこの階層順になっているのだと思います。
ただいっぱい項目ありますが、実質あまり使ってないフォルダもあります。
Slackで済んじゃう部分も多いんですよね。
2重に保存するのけっこうめんどくさかったりして・・・
そこで最近弊チームではscrap boxという新しいアプリを使う試みがなされているところです。
その４：LINE
これは説明不要ですよね。
iGEM2021というグループ作ってふつうに会話してるだけです。
やはりよく使うアプリなのでレスポンスは最速。
あとミーティングの日程投票もSlackより使い勝手いいようなのでもっぱらLINEです。
おまけ：会計はぜんぶSlackのチャンネルに投稿して年度末に計算
2019年は会計を置く試みをしたのですが、普段全然やることなかったので廃止しました。
寄付などで+の時も、物品購入などで-のときも、
Slackにこんな感じで書いていきます。
Fig3. 寄付をもらったとき
Fig4. 支出があったとき
このように、
・iGEMの通帳にお金を入れた
・iGEMの通帳から引き出した、立て替えた人にお金を渡した
ら、✔の反応をつけます。
何か特筆すべきことがあったら、メモはスレッドに書きます。
弊チームの情報共有についてシェアさせていただきました。
iGEMで情報共有は本当に大切なので、しつこいくらいやって丁度いいと思います。
今日は以上です。 お疲れさまでした。
【メモ】
～今後書きたい記事～
・用語集
・論文の探し方
・メダル条件
・iGEMあるある
・ＰＤＢ
・ＮＣＢＩ
・His-Tag
・参考文献
